随着“十三五”规划轮廓日渐清晰，有关环保大部制改革的建议和设想也纷纷浮出水面，此前，专家们纷纷表示，环保部很可能借助五中全会研究讨论“十三五”规划之际，力推环保部实现实际意义上的扩权，尽快告别职能交叉、权责不清的尴尬局面。
公开资料显示，目前，我国的环保监管职能分割为三大方面：污染防治职能分散在海洋、港务监督、渔政、渔业监督、军队环保、公安、交通、铁道、民航等部门；资源保护职能分散在矿产、林业、农业、水利等部门；综合调控管理职能分散在国家发改委、财政、经贸(工信)、国土等部门。环保部对水环境质量和水污染防治负责，水利部对水资源保护负责；环保部管二氧化碳，而一氧化碳归另一个部门管理。环保部副部长潘岳也曾经撰文称，中国已进入环境高风险期，然而，作为中国环保的主要责任部门，却面临着与众多部门职能交叉、权责不清的尴尬。“我们的环保工作涉及的部门很多，许多职能出现交叉重叠。”“我听说世界上有四大尴尬部门，中国的环保部就是其中之一。”
此前，相关部门负责人和专家都曾多次公开表示，由于职能交叉，造成执法主体和监测力量分散，环保领域多头执法问题突出。“理论界普遍认为，环境保护包括对自然资源的保护，环保部门的统一监督管理就是环境保护主管部门统一指导、协调和监督自己和其他部门在自然资源和环境保护方面的工作。但这一观点并未得到相关政府部门的认同。”国务院发展研究中心资源与环境政策研究所副所长、研究员常纪文直言，原因在于部分政府部门担心自己分工负责的职权会因环境保护主管部门的统一监督管理而被架空，更不愿意看到另外一个非监察性质且与自己平级、互不统属的政府部门来监督自己的履职情况。
但即便如此，业界不少专家仍然呼吁希望环保部门成为一个超部门的决策机构。此前，中科院可持续发展战略研究组提出的一套方案是：梳理分散在各部门的自然资源资产产权管理职能，集中并组建自然资源资产管理委员会；把分散在国土、农业、水利、环保、林业等部门的自然资源保护和生态保护等职能集中起来，组建自然资源与生态保护部，统筹自然资源和生态保护监管；把分散在海洋、水利、住建等部门的污染防治职能集中到环境保护部。不过，常纪文等多位业内人士也表示，这种比较“主流”的思路有利有弊，准确把握环保部门权力大小这个“度”十分关键。常纪文表示，上述方案优点在于一个部门统一监管所有的自然资源、生态和污染防治工作，维持自然资源和生态环境保护工作的整体性，缺点在于改革涉及部门多，整合难度相当大，机构过于庞杂，且工作效率不高。
对此，常纪文从横向改革的角度提出的方案是，成立“国家生态环境部”和“国家自然资源部(委员会)”。具体来说，国家生态环境部除了直接监管自然保护区外(可以考虑纳入国家公园监管职能)，还对其他生态保护工作进行统一规划(如用途管制)，提出统一标准，开展执法监督、进行事故调查、统一事故应急、统一监测预警、统一信息公开、统一调查评估、统一技术规范等，除此之外的生态保护工作则由国家自然资源部(委员会)行使。
从纵向改革的角度，常纪文建议，加强国家一级的环境保护监督管理能力，保障落实省一级的环保责任。国家一级除保留重大事项和跨区域、跨流域的事项管理权，如大气排放指标交易、京津冀区域大气污染联防联治等外，其他环境保护监管职权下放由省一级行使。
