付费机制一直是PPP合同中最核心的要素之一，也是社会资本最关心、政府最头疼的问题。财政部合同指南给出了相对可操作的指引。
(1)最低使用量，比如污水处理厂的“保底水量”。当项目实际使用量低于约定的最低使用量时，政府仍然按约定的最低使用量付费。
最低使用量的付费安排可以在一定程度上降低项目公司承担实际需求风险的程度，提高项目的可融资性。
(2)最高使用量。在实际使用量高于最高使用量时，政府对于超过最高使用量的部分不承担付款义务。最高使用量的付费安排为政府的支付义务设置了一个上限，可以有效防止政府因项目使用量持续增加而承担过度的财政风险。
2、政府付费的调价机制
(1)公式调整机制
当特定系数变动导致根据价格调整公式测算的结果达到约定的调价条件时，将触发调价程序，按约定的幅度自动调整定价。
常见的调价系数包括：消费者物价指数、生产者物价指数、劳动力市场指数、利率变动、汇率变动等。
(2)基准比价机制
定期将项目公司提供服务的定价与同类服务的市场价格进行对比，如发现差异，则项目公司与政府可以协商对政府付费进行调价。
(3)市场测试机制
在PPP项目合同约定的某一特定时间，对项目中某项特定服务在市场范围内重新进行采购，以更好地实现项目的物有所值。通过竞争性采购程序，政府和项目公司将可能会协商更换此部分服务的运营商或调整政府付费等。
但后两种调价机制通常适用于社会公共服务类项目，很少出现在公共交通或者公用设施项目中。
主要原因有二：
1)在公共交通或者公用设施项目中，项目公司的各项服务互相关联、难以明确分割，很难对某一项服务单独进行比价或市场测试;
2)难以找到与该项目公司所处的运营情况、市场条件完全相同的比较对象。
但需要强调的是，除非需求量可预测且较为明确或者政府提供其他的补助或承诺，否则使用者付费项目的可融资性相对较低，如果融资难度和融资成本过高，则可能会导致项目无法实施;同时，由于项目公司承担较大的需求风险，在需求不足时，项目公司为了确保能够收回成本，有可能会要求提高使用费的定价或者变相降低产品或服务质量。
