办法规定，有下列五种行为的企事业单位和个体经营者，应当取得排污许可证：排放大气污染物的；排放工业废水、医疗污水和餐饮污水的；运营城乡污水和工业废水集中处理设施的；经营规模化畜禽养殖场和养殖小区的；其他应当取得排污许可证的行为。排污者有未按规定办理排污许可证变更或者延续手续而继续排污的和涂改、出租、出借、伪造或者非法转让排污许可证的等两种行为的，由环境保护行政主管部门责令限期改正，并处一万元以上十万元以下罚款；逾期不改正的，按未取得排污许可证排污予以处罚。
办法明确，环境保护行政主管部门及其工作人员有玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊的；对不具备申请条件的申请人颁发排污许可证的；超越法定职权颁发排污许可证的；违反法定程序颁发排污许可证等四种情形之一的，由其上级行政机关或者监察机关责令改正；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
