东江水域流经河源、东莞等市，近年两市均大力保护东江水源，共投入逾500亿元人民币，从“截污、清淤、治堤、活源”四大方向入手。截至目前，作为供港水源地的河源新丰江水库生态环境保护项目共有56个，其中河源负责47个，总投资约15.03亿元。
高标准保护新丰江水库的生态环境，是保持东江水质长年稳定良好的前提，库区生态环境保护如今已经上升到国家战略生态建设规划层面。河源针对新丰江水库、东江干流河源段等重点水域水环境保护的特殊需求，专门出台一系列文件，严格开展项目开发的审查把关，取缔所有污染项目，严控农业面源污染。
广东省河源市环保局表示，新丰江库区总面积240万亩，目前80%以上的森林被划入生态公益林。迄今河源新丰江水库生态环境保护47个项目，已投入资金3.44亿元，其中已验收项目1个，以完工待验收项目13个，已开工在建项目21个，超额完成年度投资任务。
莞今年完成水资源配置
东莞全市生活、工业等活动近9成水资源来自东江，为摆脱过渡依赖东江水现状，降低东江东莞段水资源利用强度。目前东莞近五年将投入500亿元，全面治理包括东江流域石马河等支流在内的全市河涌网络。东莞水务局表示，首期工程预计今年达成，基本形成“污水处理城乡全覆盖、江库联网互济、多种水源互补”的水资源配置格局。
东莞水务局还透露，从2013年开始，东莞已陆续投入74亿，建设总长达860公里的截污主干管网，目前已建成850公里，配套并投入运营污水处理厂37家，日均污水处理量约为270万吨。到明年6月，全市截污主干管网将完成收尾工程，届时将在内地率先实现生活污水集中处理城乡全覆盖。
至于治理曾作为供港水源之一的石马河方面，东莞已提请广东省水利厅牵头，协调深莞惠三市联合治污，并按照上滞、中截、下疏、调污排清的原则，实施石马河河口水源保护综合整治工程，一期11个子工程投资逾8亿元，3年内完工，届时将大幅减少石马河污水对东江水源的污染。
