据了解，从2008年开始，长春市先后在两个水源地的上游启动“栽植芦苇、建设湿地”工程，拦截水库上游来水，通过栽植的芦苇、荷花、香蒲等生物降解，使氮、磷等被吸收，让净化水流入库区内。目前已累计建成生态湿地近3000公顷，构筑起了水源地绿色保护屏障。
据测算，石头口门水库水源湿地工程运行后，芦苇湿地每年吸附去除水体中总氮93.5吨、总磷16.8吨。新立城水库通过内层芦苇等吸附氮磷能力强的植被、中层河柳等耐涝灌木、外层林地3层条带构筑环湖生态圈，有效吸附水体中有害物质，水源地污染综合治理工程的1000公顷湿地建成后，每年可减少向水库排放氮80.5吨、磷8.7吨，达到净化水质的目的。
围绕两大水源地水质安全，长春市环保部门强化监管，常年开展水源地专项执法检查和水源地周边环境因素巡查，加强排污口管理，及时查处污染隐患。并与辖区政府及相关部门联合，对存在突出环境问题的企业实施挂牌督办。同时拆除水源保护区内的各种违法建筑，取缔游泳、垂钓等一切违法行为。
长春市环保部门还先后建成石头口门、新立城水库水质自动监测站，对两大水源地水质进行指标综合评价。长年监测显示，石头口门水库、新立城水库两个城市水源地4个监测点位监测数值始终全部达标。
