近年来，钱塘江上游水质好于下游，但水体氨氮和总磷浓度呈现上升趋势。目前以氮、磷污染为主，主要污染指标为氨氮和总磷。据研究显示，钱塘江部分河段仍未能达到水环境功能区要求的水质标准。
今年以来，杭州市政协全面实施“五水共治”专项集体民主监督，日前，经过大量调研，民进杭州市委会对加强钱塘江水质状况提出建议：“近年来，钱塘江水质呈缓慢下降趋势，局部河段甚至出现过水华现象及污染物倾倒泄漏事件，对饮用水安全造成严重威胁。”
民进杭州市委会以钱塘江水质监测历史资料为基础，对钱塘江水域生态表征的物理、化学、生物学动态生态过程和调控作用进行综合分析，目前，较为严重的水环境质量问题主要包括三个方面：
一是水体富营养化。2004年钱塘江首次爆发蓝藻。2009年11月从钱塘江上游漂来3000多吨水葫芦。钱塘江(杭州段)流域水资源丰富，但时空分布不均匀，年际之间水量变化差异显著，导致丰水年份水质相对较好，而枯水年份水质较差，并具有较明显的点源污染特征。
二是持久性有机污染物。严重影响杭州饮用水源地水质达标的不但有传统污染指标(如氨氮等)，而且还包括一些有毒有机物，如有强致癌物质的多环芳烃、三氯联苯和-五氯联苯等。钱塘江有机污染物多来源于工业废水的排放。
三是来自外部的有毒倾倒物。据了解，2013年底，钱塘江上游的水源被非法倾倒大量废液剧毒药物污染，给钱塘江水质造成威胁，使杭州市自来水产生异味。2014年5月发生了装四氯乙烷槽罐车的翻车泄漏，有8吨流入桐庐的富春江中。
如何堵住钱塘江污染源头？民进杭州市委会提出了一系列对策：
建立“五水共治”区域联动机制，实行流域综合管理。加强跨行政区域水环境监管，及时解决跨行政区域的水环境污染问题，并制定流域间污染物转移的处置法则。
加强流域水环境监测预警应急工程建设，尤其是重要水源水质自动监控系统重要污染源在线监控，建立钱塘江流域饮用水源地有机污染物监测分析工程，建立长期钱塘江流域水生态动态监测网络。
加大处罚力度、严惩不达标污水偷排、漏排的现象势在必行。对一些不运转和不规范运转的环保设备也要给与一定处罚。
