根据中国环科院的调研，近年来，我国在全球动物性食品生产中增长最快。中国环科院称，在20世纪90年代初期我国水产养殖总量超过世界其他国家的总和；进行规模化养殖的水产品种类已达50多种；2010年，全国水产养殖面积764.5万公顷。
中国环科院认为，随着我国水产养殖业的快速发展，水产养殖过程中含有残饵、残骸、排泄物、化学药剂的废水大量排入水体造成污染，此外，水产养殖业总体规划无序，放养密度不合理，排泄物超过环境的承受力，水域生态平衡也受到严重破坏。
“目前，我国水环境污染严重，72.72%的河段被污染，并主要为有机污染。全国532条河中，有438条污染，占82.3%，其中，局部养殖水域污染十分严重，水生态系统与渔业资源严重破坏，导致鱼虾死亡率增加，或种类与种群数量下降。”中国环科院表示，导致生态恶化、破坏，加剧渔业资源衰退的原因主要是不合理的填河围湖、不当拦河筑坝、围海造田、以牺牲环境为代价的盲目养殖、传统养殖。同时，近二十年来中国大量的池塘集约化养殖，投入了上千万吨的饵、肥料和大量药物，这也导致了每年近3亿立方米养殖废水的排放，更加剧了江河湖库的富营养化和污染程度。
中国环科院引用2011年全国渔业生态环境监测网的监测数据说，我国的渔业资源持续衰退，不适用于渔业水域的海域中，渤海占79%，黄海占45%，东海占78%，南海占28%。同时，七大水系中50%河段不符合渔业水质标准，其中，淮河、海河、松花江与辽河系污染严重。其占淡水鱼类捕捞量90%，超渔业水质指标水域占26%(5000km)。
说明表示，目前，我国在水产养殖业方面也颁布了一些法律法规，如渔业法、海洋环境保护法等，但这些法律也面临着部分条款法律强制力不够；法规体系不完善，执法依据不足；一些法律规范之间出现冲突，缺乏专项法律等问题。说明称，环保部将通过颁布水产养殖污染防治技术政策等来遏制养殖业的污染问题，目前，该技术政策正在公开征求意见。
