按照规划，在2014年中线通水前，丹江口水库要达到Ⅱ类水质，主要入库支流水质要符合水功能区要求。2015年末，直接汇入丹江口水库的主要支流水质不低于Ⅲ类。
据介绍，地方为保护水质关闭了大量污染企业、限制了一批新建项目，造成地方财政减收增支、就业和民生等一系列问题，出现生态环境保护与经济社会发展的矛盾。但在国家批复《丹江口库区及上游地区经济社会发展规划》之前，对该地区战略发展定位并不十分明确，使得地方水质保护工作的积极性受到影响。
此外，生态补偿长效机制尚未健全。目前只实施了中央财政转移支付政策，而受益区对保护区的补偿、市场化的补偿一直没有启动。
据了解，国务院南水北调办将加快《丹江口库区及上游水污染防治和水土保持“十二五”规划》的实施，推动《丹江口库区及上游地区经济社会发展规划》实施。此外，还将继续加大中央财政对水源区转移支付力度，探索建立市场化的生态补偿机制。
