碧水源参与了国内多个政府性的污水处理项目，且其通过与地方城投等企业成立合资公司的方式，快速切入了各地污水及水务业务。
但是《第一财经日报》获知，由于其参与的政府污水BT项目需要大量垫款，政府随后分期付款，因而该公司的现金流较紧张，应收款也大幅提升。目前，其云南的11亿污水处理项目就并没有按期施工完毕，这也意味着此项目对碧水源的资金占用还将持续。
如果国家审计署对于地方债务审计后，认为一些地方财政开支过大且需要缩减财务支出规模的话，那么碧水源前期对BT项目的垫资款项有可能会存在风险，这种与地方城投公司成立合资企业，并拿下污水大单的业务模式，也面临着考验。
BT模式推动企业快速发展
事实上，碧水源登陆创业板并成功上市，并非凭借类似云南BT那样的污水处理大单。其号称拥有的大型膜生物反应器组器系统（下称“MBR”）技术，被看作是一个重要筹码，为其开拓国内正迅猛发展的水务市场蓝海创造了先发优势。欧洲50%以上污水处理都使用该技术，而中国使用该技术的市场份额不足1%，但市场需求却呈现50%以上的增速。
但是，随后碧水源MBR技术被提及的次数减少，反而其新的商业模式更加引人注目。
2011年5月的一则公告，是碧水源产业模式转型的信号。当天其宣布砸下6亿元（比上市的计划募资额还多），与云南省水务产业投资有限公司合资设立云南水务产业投资发展有限责任公司（下称“云南水务公司”），希望借助该平台承建、改造云南当地的多个污水处理厂。碧水源预计，合资公司成立的1~3年，分别会实现4.1亿~14.8亿元的收入，利润会在3年内达到2.5亿元。这显然对投资者有吸引力——2010年碧水源的总收入不过5亿元。这家成立时间极短的合资公司在短短两年多里在建及运营的项目有40多个，遍及云南省内15个地州，2012年年底实现3.3亿营收、净利润1.54亿元。
云南合资企业成立后的1个月，碧水源就获得了11亿元的滇池BT项目大单。
长江证券(行情,问诊)一位分析师就曾分析，早前碧水源就已在滇池拿到几个小项目，但获得大单说明其在市政关系的投入上逐步进入收获期。而据该公司招股书，2010年上市前，碧水源最大的BT项目不过3000万元。
随后，碧水源又与南京、湖南益阳、广东等城投（或国企）分别成立合资企业，承接当地的污水处理、城市供水及固废利用等项目。
BT隐忧：现金流吃紧
通过大力拓展市场，碧水源得到了快速扩张，但是其中也隐藏了一系列的问题。
其一，虽然2013年上半年碧水源的营收高达8.36亿元，同比增加76.6%，但主要营收（估计有6亿元）是依靠并表子公司——北京久安建设投资公司的收入而来。而外埠地区（除北京外）实现收入同比仅增加了17.52%。而部分合资子公司业绩还出现了下降。如云南水务公司今年前6个月的净利润665万元，净利润反而同比在下降。
其二，一些包括BT项目在内的项目，对公司的长期应收款、现金流等带来了负面影响。
该公司上半年的长期应收款大幅增加了63.38%，已达16亿元以上，并超过了同期的营业收入；其投资活动产生的现金流量净额，也比上年同期减少了43%左右。另外，碧水源持有的货币资金大幅减少5.368亿元，原因是该公司的经营性现金流已为负数。在上半年，虽然碧水源通过经营活动获得了高达6亿元的现金，但是企业的经营活动现金流出则有9.7亿元。
不仅如此，2012年，碧水源的货币资金也由2011年的23.3亿减少至19亿，货币资金的减少与BT业务有直接关联，当年BT项目的投资拨款就有6.94亿元之高，而同期其营收也不过是17.71亿元而已。同时，碧水源的应收账款也达6.5亿元，是2011年底的两倍以上。碧水源解释称，除了主营收入增加而相应增加了应收账款外，宏观经济调控对该公司的主要客户——地方政府的支付进度，产生了较大的影响。
之所以BT项目会对该公司的部分财务指标产生较大影响，还是在于BT本身运作过程中的特殊模式所致。虽然企业可以通过这种项目获取大量业务，而且地方政府也不熟悉专业，且可缓解资金紧张，但是BT业务背后仍然需要企业大量垫款。以云南滇池的11亿污水处理BT项目为例，碧水源及下属企业需承担膜系统及设备系统，有4亿~5亿元，因而部分款项就会由其支出。昆明滇投（项目投资人）则会分五年支付工程费用及其他费用。而据记者了解，本来此项目在2012年结束，据有关企业介绍其目前仍未完工，因此可判断碧水源被占用的资金周期也被拉长。
万联证券环保行业研究员宋颖就曾认为，政府财政状况或许会影响BT项目，如果没有财政资金，项目的收款、进度、时间都会受到影响。
对于地方债务审计将影响BT项目，甚至暂停BT项目的问题，碧水源董秘何愿平表示，影响是两方面的，负面的是对BT项目有一定的影响，积极的方面是以后可能会更加民营化，这对于企业来说，也是机遇。
