与晋江、泉州等周边县市不同，三面环海的石狮无江河水系的自然地理环境，决定了石狮无法利用自然水系来对内沟河实施生态调节；加之受跨流域污染的影响，石狮市区内沟河、农村溪流承载着巨大的环境压力。为解决城市生活污水问题，早在2007年，石狮就投运中心市区城市污水处理厂一期工程，扩建工程于2010年投运，使中心市区污水处理厂日处理污水能力达到10万吨，目前满负荷运行。
此后，石狮高新区污水处理厂、永宁镇污水处理厂也相继建成投运，使全市城乡生活污水处理厂日处理能力提升至13万吨，祥芝、鸿山、锦尚三镇部分生活污水也纳入工业区污水处理厂处理，生活污水处理量达到11万吨/日，其生活污水处理能力及实际处理水量，均居泉州各县（市、区）第一位。
与此同时，石狮大力推进城乡污水处理厂及其配套管网建设，加快完善城市污水处理厂配套管网，实施农村连片整治、重点排水户污水收集管道改造等，污水收集率、处置率得到明显改善。
尾水回用，可谓是一举两得。作为城区内沟河治理的一项重要策略，中心市区城市污水处理厂尾水回用冲刷工程于去年10月份投入使用后，既实现污染零排放，又可解决城市内沟河无活水冲污的问题，污水处理厂10万吨/日尾水可全部回用于冲刷河沟。继东茂沟冲刷点建成后，东沟泰马桥段的尾水冲刷点也在抓紧建设中，9月底前将实现通水冲刷河沟。
“污垃”工程即污水和垃圾处理项目，是城市环境污染整治的“两条腿”，石狮在生活垃圾处置方面同样敢为人先。石狮市生活垃圾焚烧综合处理厂于2008年11月全面建成投产，是我省首家以BOT方式投资建设与经营管理的垃圾处理项目；该企业也是全省唯一采用异重循环流化床焚烧技术、唯一垃圾焚烧处理热电联供和唯一配置完整垃圾分选工艺的企业，设计日处理垃圾能力1600吨。采用热电联供技术是石狮市垃圾综合处理厂发展循环经济、促进节能减排的关键，该厂对垃圾焚烧处理产生的电能并入国家电网，产生的蒸汽供给周边漂染、水洗企业。目前，石狮生活垃圾无害化处理率达100%。
