1、前期仓促上马 后期风险未来可能爆发
财政部PPP指南编制项目负责人、济邦咨询有限公司咨询总监李竞一李竞一说，PPP现在成了拼政绩的东西，很多不适合做PPP的项目盲目上马，比如一些房地产、工业厂房、农贸市场等完全可以用市场化方式来解决的项目，也被冠上“园区开发”的名字做PPP。
“很多政府仅仅把PPP当作融资工具，而不是真的提高项目的运行效率和公共治理能力。”李竞一说。
按照财政部的PPP项目流程，PPP的第一个阶段应当是项目识别。然而多位业内人士表示，现在很多地方政府的PPP项目几乎没有识别阶段，前期论证和测算粗糙，“这样做下去，项目到后期就会出现很多麻烦”。
李竞一以交通项目举例说，前期政府为了尽快做成项目，在可行性研究时，会把未来的盈利前景描绘得非常美好，比如对客流量的估计往往虚高。但到实际运营时根本达不到预估的情况。这时候社会资本的投资主体就会要求地方政府对项目进行补贴。
李竞一说，如果前期预测做得不好，合同中对补贴事项表述比较模糊，投资人和地方政府就会为补贴而“扯皮”。“如果是一级政府还好说，责任清晰，但如果涉及到两级政府来补贴，就麻烦了。”
有些社会资本投资人存在跑马圈地的心态。大成律师事务所PPP实务研究课题组秘书长杜继锋说，有很多企业为了防止竞争对手抢占先机，即使没什么收益的项目也要积极介入，与政府草签协议，但这些协议其实未必能落实。
李竞一认为，政府应该把整个PPP操作周期流程正规化，提高项目运作能力和诚信。此外，各地的PPP中心这样的专门协调机构应当整合资源，跟踪项目并及时总结经验教训。
2、所得税杀伤力太大
目前，国家发改委和财政部均在大力推动PPP规范化，并出台了各自的合同指南。不过，在业界看来，还需要更多的综合配套政策支持，如涉及税收、银行、国土等部门。
以财税政策为例。在PPP模式运用较多的基础设施建设领域，2014年7月财政部和国家税务总局发布了《关于公共基础设施项目享受企业所得税优惠政策问题的补充通知》，对符合条件和标准的公共基础设施项目，采用一次核准、分批次(如码头、泊位、航站楼、跑道、路段、发电机组等)建设的，凡同时符合一定条件的，可按每一批次为单位计算所得，并享受企业所得税“三免三减半”优惠。
但是，华东一位做城镇化基金的投资经理对扫雷小组说，“三免”只在前三年有效，对于超过三年的PPP项目，“所得税杀伤力太大”。他认为，在PPP实际操作中，最大的困难是税收政策问题，但是很多公司在设计项目时却忽视了这个问题。对于涉及到存量项目的PPP改造，税收问题更为复杂。
此外，去年12月，国务院发布《关于清理规范税收等优惠政策的通知》，将地方政府对企业税收优惠减免的权力上收。虽然这一个改革本身无可厚非，但王守清认为，这对PPP的运作也会带来不利影响。
3、银行担保措施难以创新
一位不愿具名的某省会商业银行人士告诉扫雷小组，银行对待PPP的心态也非常复杂。“政府希望银行给融资，手续越简单越好，但是银监会对银行有内控要求，所以银行必须形式上合规。” 李竞一说，银行往往不接受项目本身设计的回报机制，而要求以项目资产或者未来基本项目的收益来作担保。
4、土地资产使用规则尚待厘清
今年1月，国家发改委发布的《关于加强城市轨道交通规划建设管理的通知》称，创新投融资体制，实施轨道交通导向型土地综合开发，吸引社会资本通过特许经营等多种形式参与建设和运营。土地资产至今仍然是地方融资平台手中最重要的资产，如何在PPP设计中发挥土地资产的作用，目前国土部门并无具体的文件出台。
5、《行政诉讼法》存争议
即将于5月1日实施的新《行政诉讼法》在PPP业界也引起了争议，该法第十二条规定的受案范围包括“认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的”公民、法人或者其他组织提起的诉讼。
王守清认为 ，“这意味着社会资本和政府之间签的特许经营合同不是平等主体之间的民商合同，是行政合同，这个对投资者就很可怕了，因为我只能申请复议，不能申请仲裁。”
对于PPP合同到底是行政合同，还是民事合同，在业界仍存在争议。由财政部发布的《政府和社会资本合作模式操作指南》第三部分“争议解决”中规定：在项目实施过程中，按照项目合同约定，项目实施机构、社会资本或项目公司可就发生争议且无法协商达成一致的事项，依法申请仲裁或提起民事诉讼。
但是，该指南也规定，社会资本或项目公司对政府职能部门的行政监管处理决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
一些法律学者认为，这意味着，PPP合同具有民事合同和行政合同双重性质，在合同部分应当属于民事诉讼法所调整的范围，而在特许经营权的授予和行政监管方面，则属于行政诉讼法调整的范围。针对模糊地带，杜继峰建议，全国人大应当出台相应的解释。
