明确环保监管职能配置 加强环保部门综合宏观职能
环境保护是一项错综复杂的工作，环保部门应发挥综合宏观职能，统一监管环境标准、规划、监测、信息等工作。目前草案对监管体制的修改，如第10条规定环保部门“会同有关部门”制定排放标准、第11条规定环境保护部“会同有关部门”建立监测制度等，不仅与现行有效的职责分工和管理体制相违背，而且弱化了环保部门的综合宏观职能，将对环保工作带来不利影响。环保部对草案中的细则提出了修改意见，指出环境标准、环境基准、环境监测、环保规划、总量控制指标分配等工作内容，应由环保部门协调组织开展。
这些修改意见，明确了政府各部门在环保工作中与环保部部门的关系，环保部门具有对立的管理和执法权利，实现对环境的垂直管理，如总量控制指标分配等各方面环保工作内容，应由环保部牵头，其他部门协调配合完成。
同时，环保部建议对排污收费、“三同时”的表述做修改，并要求增加限期治理、现场检查、环境应急、土壤环境保护、国际合作、生态保护等相关内容的说明。
理清环境保护法与专项法的关系
《环境保护法》在环境保护法律框架体系中处于基础性、综合性地位。环保部指出，《环境保护法》应体现“综合法”的特点，合理解决法律之间的衔接问题，其主要内容应当包括环保理念、基本原则、基本体制、政府责任、公众权益保障、社会参与机制、企业的基本义务、环境经济政策、通用的处罚规则等；而针对企业的具体监管措施应当主要留由其他专项环保法律或者行政法规规定。目前草案的定位不够清晰，与专项环保法律存在交叉、重叠的现象，在若干具体条款上出现冲突情形。
明晰经济发展与环境保护的关系
环保部指出，社会经济的发展与环境保护息息相关，要坚持在发展中保护、在保护中发展，走代价小、效益好、排放低、可持续的环境保护新道路，努力实现全面、协调、可持续的发展。因此环境保护法的修改，必须统筹处理好经济发展与环境保护的关系。草案第4条提出了“使经济建设和社会发展与环境保护相协调”的理念，但并未提出具体的保障措施和程序规则。
充分吸收地方环保部门的成功经验
环保部指出，目前草案没有将那些应当用法律规范来调整、立法条件比较成熟、各方面意见比较一致、现实中又迫切需要的、修改后对环境保护工作能产生显著成效的实践成果和国际经验，纳入到修改后的《环境保护法》中。对环境影响评价、“三同时”、排污收费、限期治理、现场检查等制度措施的有关修改内容，目前草案与水、大气等单项环保法律的规定、与目前环境管理工作实际不一致。
补充相关环境管理制度和措施
草案公布后，公众环境权益、跨区域环保机制、环境税等成为各界关注的热点，环保部结合各方意见和关注重点，对草案中没有提及的管理制度和措施提出了补充的建议，指出应补充多项制度：保障公众环境权益，跨部门、跨区域的环保协调机制，乡镇政府的环境管理，政策制定过程的环境影响论证，环境质量状况评价指标体系，环境功能区划、生态功能区划，污染物总量控制与环境质量管理，排污许可、排放指标交易，环境保险、绿色信贷、环境税等经济政策，生态补偿机制。
明确各方法律责任
关于《环境保护法》中法律责任部分的修改，环保部指出应当注意处理好适用对象和适用规则两个基本问题，从两个方面进行合理设计和安排，避免重复性规定，补充通用性处罚规则。在建议补充的法律责任部分，环保部对责任主体、处罚责任等做出了明确表述，指出环境犯罪等行为的处罚等要与相关法律相衔接。
环保部的建议中，增加环境公益诉讼资格成为亮点，这将激励和规范全社会的环境责任意识，促进公众监督环境污染事件，促使责任主体积极主动的承担环境责任，促进社会经济和环境的可持续发展。
